O rojstvu brata Elija, njegovi družini in sprejemu v red je malo znanega. Verjetno se je rodil v Assisiju med letoma 1175 in 1180. Njegov oče je bil doma iz Bevigla blizu Assisija, mati pa je prihajala prav iz Assisija. Družina ni pripadala plemiškemu sloju, bila pa je dokaj premožna. Oče je bil trgovec z blagom, izdelovalec žimnic in obenem verjetno "console", neke vrste sodnik.

Elija se je najprej lotil družinskih poslov, poleg tega pa je otroke poučeval branja psalmov. A podobno kot Frančišek v očetovi trgovini ni našel zadovoljstva. Odšel je v Bologno in tam študiral pravo, ki ga je zaključil z doktoratom. Ko se je vrnil v Assisi, je začel delati kot odvetnik. Frančišek ga je zelo pritegnil s svojimi pridigami in zavračanjem vsega posvetnega. Zato se je približno leta 1211 pridružil njegovemu bratstvu. Mnogi biografi, zlasti novejši, predvidevajo, da je bil Elija tisti mladostni prijatelj, ki ga Tomaž Čelanski opisuje kot Frančiškovega zaupnika v času spreobrnjenja. Frančiškovemu bratstvu se je pridružil z namenom, da bi z vso dušo in gorečnostjo uresničeval ideale mladega Frančiška ter jih razširil po vsem svetu.

Ko je vstopil v red, je kmalu užival popolno zaupanje ustanovitelja. Po pričevanjih sodobnikov, tudi njegovih nasprotnikov, je bil Elija eden največjih mož svojega časa. Po bistroumnosti, modrosti in podjetnosti je presegal vse: "Niti na papeškem dvoru," je zapisal manjši brat Mariano iz Firenc, "niti na cesarskem ni bilo njemu enakega." Bil je prijatelj kardinalov, papežev in cesarjev. Celo v gradbeni umetnosti mu ni bilo para. Isti brat Mariano poroča: "Elija iz Cortone, manjši brat, je bil znan arhitekt. Zgradil je čudovito cerkev s samostanom sv. Frančiška v Assisiju in cerkev v Cortoni. Na željo cesarja Friderika pa je na Siciliji gradil tudi gradove in utrdbe." Brat Elija se je teh svojih talentov tudi zavedal. Zato ni trpel nobenega ugovora. Kar je bil in kar je delal, je počel z dušo in telesom. To se je pokazalo tudi kasneje, v odnosu do kralja Firderika II. Elija je spoznal, da se mora prepir med cesarjem in Cerkvijo rešiti. Zato si je za rešitev spora prizadeval do svoje smrti.

Do leta 1217 brat Elija v redu ni imel pomembnejše vloge. Verjetno je bil, kot večina bratov, popotni pridigar. Tega leta pa ga je Frančišek poklical k sebi. 1217. leta se je namreč odvijal prvi generalni kapitelj, na katerem se je red razdelil v province. Ena prvih provinc je bila v Siriji. Brate je čakalo ogromno dela in neskončno veliko področje, ki ga je bilo treba pokristjaniti. Zato je Frančišek izbral najprimernejšega za to nalogo: brata Elija. Ta je brez odlašanja odpotoval z veliko križarsko odpravo, ki je leta 1217 odšla iz Evrope na 5. križarsko vojno.

Po dveh letih je brat Elija v sveti deželi zapustil dobro organizirano provinco. Ko je leta 1219 prišel tja tudi Frančišek, se je Elija vrnil z njim v Italijo. Avgusta 1220 so pristali v Benetkah. Pred svojim odhodom v sveto deželo je Frančišek prepustil vodstvo reda bratu Pietru Cattaneu. Vendar je ta 10. marca 1221 umrl in njegovo mesto je prevzel brat Elija. S tem se je za red začelo novo obdobje. Kot piše Tomaž Čelanski, si ga je Frančišek "izbral za mater in ga dal bratom za očeta". Brat Elija Frančiška ni razočaral. Takoj je začel pripravljati binkoštni kapitelj, ki ga je napovedal že njegov predhodnik. To je bilo težko delo. Kapitlja se je udeležilo preko 3000 bratov, kardinali, škofje in predstavniki mest. Poskrbeti je bilo treba za udeležence, njim primerna prenočišča, saj je kapitelj trajal sedem oziroma devet dni. Poleg tega pa je moral brat Elija poskrbeti za vsa poročila, premestitve provincialov, odpiranje novih postojank, misijone … Ta kapitelj je bil eden najpomembnejših v zgodovini reda. Na njem so sprejeli sklepe o dokončni obliki Vodila, pošiljanju bratov v različne dežele, prebrali so tudi poročilo o mučeništvu bratov v Maroku. Kapitelj je vodil brat Elija. Bolni Frančišek je sedel ob njegovih nogah, in kadar je hotel spregovoriti, je brata ponižno pocukal za habit in mu povedal svojo željo. Gotovost in spretnost pri vodenju tega kapitlja sta bratu Eliju prinesla ugled v redu in zaupanje v rimski kuriji.

Leta 1221 do 1223 so bila odločilna za nadaljnji obstoj vseh treh redov. Bile so začrtane smernice dela in življenja. Tretji red pa je dobil trdnejšo organizacijo. Duhovni vodja je bil Frančišek, vse ostalo pa je storil brat Elija s provinciali in kardinalom Hugolinom, ki je pozneje postal papež Gregor IX. Žalostno je, da sta se znotraj reda že takrat izoblikovali dve skupini. Prva je bila skupina izobraženih bratov in klerikov, ki so se zbirali okrog brata Elija (bratje iz druge skupine so jih zaničevalno imenovali "laksisti"). Druga skupina, t. i. "rigorozni" bratje, pa se je oblikovala okoli brata Leona. Brat Elija je poskušal obdržati zlato sredino. Bolj se je sicer nagibal k strogosti, vendar je moral misliti na obstoj reda in njegovo učinkovitost. Ni delal razlik med brati laiki in kleriki, čeprav je spodbujal študij.

Kako tesen je bil odnos med bratom Elijem in Frančiškom, lahko razberemo iz skrbi, ki jo je Elija izkazoval bolnemu in umirajočemu ustanovitelju. Frančišek mu je bil za to globoko hvaležen. Njun odnos lepo ponazarja zapis Tomaža Čelanskega. Bratje so rotili Frančiška, naj poskuša s pomočjo zdravnikov olajšati svoje trpljenje. Šele ko mu je to svetoval tudi brat Elija, se je Frančišek vdal in se prepustil zdravniški oskrbi. Pred smrtjo je Frančišek posebej blagoslovil brata Elija.

Brata Elija ni neizmerno cenil samo sv. Frančišek, pač pa tudi sv. Klara. Njej in sestram je brat Elija pogosto pomagal z nasveti. Sv. Neži Praški je Klara v pismu izrecno naročila, naj upošteva nasvete br. Elija in jih ima za dragocenejše kot katerikoli dar.

Po Frančiškovi smrti se je počasi spreminjala podoba reda. Številni posvečeni in učeni bratje kleriki so poskušali izriniti brate laike, da ne bi imeli nobenega vpliva na vodenje reda, provinc in samostanov. Hoteli so študirati in ostati vse življenje v istem samostanu (stabilitas loci). To je pomenilo tudi oddaljevanje od prvotnega uboštva, ki ga je Frančišek tako močno zagovarjal, čeprav so mu cerkvene oblasti svetovale drugače. 
1227 je brat Elija sklical binkoštni kapitelj. Bil je bolehen in prepričan, da služba generalnega ministra presega njegove moči. Zato so za novega generalnega ministra izvolili provincialnega ministra Španije Janeza Parentija.

Brat Elija se je zato lahko posvetil novi nalogi. Sv. Frančišek, ki ga je častilo vedno več ljudi in katerega čudeži so se vedno bolj množili, ni mogel ostati skrit pod temnimi oboki male cerkvice sv. Jurija. Brat Elija je želel postaviti cerkev v čast in spomin sv. Frančišku. Takšnih načrtov pa ni imel samo br. Elija, pač pa tudi Frančiškov prijatelj in dobrotnik, papež Gregor IX. Ta je br. Eliju naročil, naj postavi cerkev po lastni zamisli. 17. julija 1228 je papež osebno položil temeljni kamen za izgradnjo nove cerkve. Tako je nastala dvojna cerkev: spodnja cerkev je bila kripta, v zgornji pa so obhajali maše. Cerkev ni bila "prebogata", kot so nasprotniki očitali br. Eliju. Bila je cerkev preprostih oblik, brez pretirane notranje opreme, kakršno je zaznamoval takratni lombardski stil. Desetletja pozneje so različni slikarji poslikali obe cerkvi in ju spremenili v umetniški spomenik najvišjega razreda.

Ker Janez Parenti ni bil dorasel službi generalnega ministra, je bil brat Elija leta 1232 ponovno izvoljen. Službe se je branil zaradi bolezni in nedokončane izgradnje asiške bazilike in samostana, a na papeževo prigovarjanje jo je nazadnje le sprejel. Ker zaradi bolezni in dela ni mogel osebno obiskovati samostanov, so mu pomagali legati. To je močno vznemirilo brate, ker so bili med njimi tudi bratje laiki. Dodatno olje na ogenj je pomenilo Elijevo neuspešno mirovno posredovanje med papežem in cesarjem, ki sta bila v hudem sporu. Br. Elija je papežu svetoval, naj popusti. Takšen nasvet v rimski kuriji ni bil dobrodošel in brata so označili za izdajalca. Tako se je začelo vedno močnejše nasprotovanje bratu Eliju, ki je doseglo vrh na naslednjem kapitlju leta 1239. Papež je do zadnjega branil brata Elija. Tako je celo prekinil generalni kapitelj, ker so se redovniki obnašali kot revolucionarji, ki hočejo uničiti vse, kar je dobro, in zgraditi nekaj svojega. Vendar so bili Elijevi nasprotniki tako vztrajni, da je moral papež na koncu popustiti in brata Elija razrešiti službe generalnega ministra.

Brat Elija se je umaknil v Assisi, ki je spadal pod papeško državo, in dokončal zidavo bazilike in samostana. Vendar Assisi zanj ni bil varno mesto. Nasprotnikov so mu grozili z zaporom ali celo smrtjo. Zato se je umaknil v Cortono, kjer so ga prijazno sprejeli. Tu je hotel v pokori in molitvi živeti do smrti. Izgon brata Elija je izkoristil cesar, ki mu je bilo všeč, da si je Elija izbral njemu zvesto mesto. Izdal je pismo, v katerem je br. Elija označil kot žrtveno jagnje, ki ga je Cerkev izgnala, ker si je prizadeval za mir.

Sovraštvo med papežem in cesarjem se je vedno bolj stopnjevalo. Cesar je poklical brata Elija v svoj tabor, da bi ta pri papežu posredoval za mir. Zaradi tega je bil brat Elija ekskomuniciran, kar je veljalo za vse cesarjeve privržence. Elija se je odpravil v Rim k papežu, vendar je prišel le do Viterba, kjer so ga prestregli njegovi nasprotniki. Ker ni mogel osebno do papeža, je sestavil dolgo pismo, v katerem je spodbujal papeža k sklenitvi miru, saj spor med cesarjem in papežem ni pomenil nič dobrega za krščanski svet. Pismo je predal generalnemu ministru reda. To je dokaz, da je bil z njim v dobrih odnosih in mu je popolnoma zaupal.

Generalni minister se je iz Assisija takoj odpravil v Rim. Iz Assisija je odšel zdrav, na poti pa je nenadoma umrl. Pismo brata Elija je za vedno izginilo. Papež, ki je zaman čakal to pismo, je pod vplivom obtožb, ki so jih izrekali na Elijev račun, verjel, da se mu je stari prijatelj izneveril, in ga je ekskomuniciral. To je pomenilo veliko sramoto. Elija, ki so ga spoštovali in občudovali po takratni Evropi, je bil izključen iz Cerkve.

Po smrti papeža Gregorja IX.je bil izvoljen Inocenc IV. Tudi med njim in cesarjem je prišlo do spora. Tokrat je br. Elija ostal nevtralen. Papež tega ni mogel sprejeti, zato ga je pozval na koncil v Lyon, kjer naj bi upravičil to svoje stališče. Br. Elija se je bal, da ga bodo vrgli v zapor, zato se pozivu ni odzval. Tako ga je tudi ta papež ekskomuniciral. Mesto Cortona je Eliju in nekaj bratom, ki so ga zvesto spremljali, dalo na razpolago hišo, v kateri so živeli. Generalni minister je hotel, da se Elija vrne v red. Vendar je ta ostal v Cortoni. Tu je zgradil cerkev sv. Frančiška in samostan. Z brati je v mestu užival veliko spoštovanje.

Umrl je 23. aprila 1253. Pokopali so ga v cerkvi sv. Frančiška Asiškega v Cortoni.