Ohranjeni imamo dve molitvi, ki kažeta na Frančiškovo pobožnost do Marije; antifono v Molitvenem bogoslužju Gospodovega trpljenja, ki obkroža vsak psalm in Pozdrav blaženi Devici Mariji. Antifona pri Molitvenem bogoslužju Gospodovega trpljenja se glasi:

Sveta Devica Marija, 
ni tebi enake med vsemi ženami sveta, 
hči in dekla vzvišenega Kralja, 
Očeta v nebesih, 
mati najsvetejšega Gospoda Jezusa Kristusa, 
nevesta Svetega Duha; 
prosi za nas, 
skupaj s svetim nadangelom Mihaelom 
in vsemi nebeškimi močmi 
in z vsemi svetniki, 
svojega presvetega ljubljenega Sina, 
našega Gospoda in Učenika.

Frančišek se je tudi tu, kot pri mnogih molitvah, naslanjal na starejše predloge, ki jih je v molitvi in meditaciji poglobil ter razširil. Tako je dal tej Marijini antifoni osebno noto in globino.
Antifona je jasno razdeljena na prošnje in vzklike. Pri vzklikih je opazno dejstvo, da Frančišek ne omenja Marijinih zaslug in dejanj, ampak v ospredje postavlja njeno izvolitev. Vzdevki, ki jih daje Mariji, kažejo na to, kar je Bog na njej dopolnil in kar jo povzdiguje nad druge žene.
"Hči in dekla vzvišenega Kralja." Veliko pove že kombinacija teh dveh besed. "Hči" kaže Božje delovanje na Marijo, izvolitev; "dekla" pa je Marijin pokorni odgovor Bogu. Obe besedi izražata čast in pripravljenost služiti Bogu. Sta izraz zdrave marijanske pobožnosti: hči in dekla. Marija je od Boga odvisna, naravnana k Njemu, obenem pa mu prostovoljno služi. 
Frančišek vidi Marijo v tesni povezanosti s Sveto Trojico. Ni le Očetova hči in dekla, ampak tudi "mati najsvetejšega Gospoda Jezusa Kristusa" in "nevesta Svetega Duha". Zanj je najpomembnejša njena sorodnost s troedinim Bogom. Izrazi: hči, mati, nevesta, dekla predpostavljajo stik z živimi osebami. To je nebeški Oče, Sin in Sveti Duh.

Pri prošnjah se Frančišek povezuje "s svetim nadangelom Mihaelom in vsemi nebeškimi močmi in z vsemi svetniki." Ima se za premajhnega in prešibkega, zato se kot molivec postavi v vrsto nadangelov, angelov in svetnikov. Posebej imenuje nadangela Mihaela, ker ga zelo časti. 
Prošnja ne obstane pri Mariji: "Prosi za nas /.../ svojega presvetega ljubljenega Sina, našega Gospoda in Učenika." Jezus je in ostane edini posrednik. Frančišek je v svojih molitvah vedno kristocentričen. Tudi o Jezusovi podobi najdemo v antifoni dve pomembni besedi: "Gospod in Učenik". To je Frančišek gotovo povzel iz evangelija. Pri Mateju beremo: "Samo eden je vaš Učitelj." Ta izraz uporablja tudi v drugih besedilih. Jezus je "najsvetejši Gospod". To podčrta njegovo slavo, njegovo učenje. Poleg pa je še drug izraz: "ljubljeni Sin" On je "človeška bližina, podarja in vzbuja ljubezen, ki si jo najlažje zamislimo v naročju njegove Matere" (L. Lehmann).

Nevesta Svetega Duha
Kot piše van Asseldonk "ne pretiravamo, če rečemo, da je Frančišek prvi, ki imenuje Marijo nevesto Svetega Duha. Njegovi predhodniki imajo podobne izraze, nihče pa je ne imenuje tako naravnost." Antifone se molijo pred in za vsakim psalmom, torej štirinajstkrat vsak dan. Na ta način se antifona vtisne v meso in kri. Te misli o Mariji kot nevesti je Frančišek razširil na sv. Klaro, njene sestre, svoje brate in vse verne.
Če živim evangelij oziroma imam Gospodovega Duha, postanem soroden z Gospodom. O, blaženi in blagoslovljeni so možje in žene, ki delajo in vztrajajo na tem, kajti "na njih počiva Gospodov Duh" (prim Iz 11,2). Vsi smo neveste, če smo povezani z Jezusom po svetem Duhu.

Bodi pozdravljena sveta Gospa, 
presveta Kraljica, 
sveta Božja mati Marija, 
ki si postala Devica Cerkev. 
Izbral te je najsvetejši Oče nebeški 
in te posvetil 
z najsvetejšim ljubljenim Sinom
in Svetim Duhom.
V tebi je bila in je
vsa polnost milosti
in vse dobro.
Pozdravljena, Gospodova palača!
Pozdravljena, njegovo šotorišče!
Pozdravljena, njegovo domovanje!
Pozdravljena, njegovo oblačilo!
Pozdravljena, njegova dekla!
Pozdravljena, njegova mati!
In vse ve, svete kreposti,
ki se po milosti
in po razsvetljenju Svetega Duha
izlivate v srca verujočih,
da jih iz nevernih spreminjate v Bogu zveste.

Pri tej molitvi ne gre za vzklike in prošnje. Frančišek sedemkrat pozdravi Marijo (sedemkrat Ave). Ta molitev je neke vrste litanijski pozdrav Božji materi. Kot v Marijini antifoni je v Marijino češčenje vključeno češčenje troedinega Boga. Vse hvalnice izvirajo iz dejstva, da je Marija Božja mati. Tudi tu je Marijino materinstvo posledica Božje izvoljenosti.
Slika Marije kot Božje bivališče, je predstavljena v treh stopnjah:
"Pozdravljena, Gospodova palača! 
Pozdravljena, njegovo šotorišče!
Pozdravljena, njegovo domovanje!"
Vsak človek naj bi se ob teh stavkih zaustavil in se zamislil. Tudi jaz naj bi bil njegova palača, šotorišče, domovanje. Kako izgleda to pri meni? Kakšno bivališče pripravljam Gospodu v svojem srcu?
Naslednji trije pozdravi se nanašajo bolj na Marijino osebo. Zadnja kitica pa govori o krepostih, ki napolnijo človekovo srce ob delovanju Svetega Duha predvsem v tem, da neverne spreobrne v zveste kristjane.

"Ki si postala Devica Cerkev"
To je zelo nenavaden pozdrav. Lehmann prevaja: "Ki si postala Devica Cerkve." E. Jungclausen pa: "Ki si bila narejena za Devico Cerkve."
Frančišku pomeni Marija od Boga posvečeno Cerkev. Posvetil jo je Bog Oče, ko jo je izbral za mater svojemu Sinu. Tudi pri tem stavku Frančišek ne ostane le pri Mariji. Njegov pogled seže naprej, do vseh ljudi, do nevernikov. V Mariji vidi konkretno Cerkev, njeno dragocenost in njeno misijonarsko nalogo. Kar se je v Mariji dopolnilo, nadaljuje Cerkev pri delitvi zakramenta svetega krsta. Če krščeni z delovanjem Svetega Duha raste v svoji veri, Bog izlije v njegovo srce kreposti in ostane zvest veri.
L. Lehmann je raziskal podobnosti med Frančiškovo molitvijo Pozdrav blaženi Devici Mariji in našo Zdravo Marijo. Gre za zelo sorodno vsebino. Trdimo lahko, da je Frančišek iz molitve Zdrava Marija izdelal neke vrste svoje litanije. V obeh molitvah je nebeški Oče Marijo blagoslovil in izbral, da postane Božje bivališče. Dejstvo, da je Marija izbrana, je zadosten razlog za njeno češčenje.
Frančišek je gotovo veliko meditiral o Mariji, da je prišel do teh izrazov.