Poseben mejnik na Frančiškovi poti spreobrnjenja med letoma 1202 in 1209, predstavlja njegovo srečanje s Križanim pri Svetem Damijanu leta 1206. Od tega trenutka dalje se čuti globoko notranje povezanega s Križem.
To je verjetno tudi razlog, da je liturgično molitev takratne Cerkve spremenil v svojo osebno molitev. Po dogodku, ko ga je pri Svetem Damijanu nagovoril križani Kristus, ga je vedno znova vleklo v cerkve, kapele in med razvaline cerkva. Tam je molil:

Molimo te, Gospod Jezus Kristus,
tukaj in v vseh tvojih cerkvah, ki so po vsem svetu;
in te hvalimo, ker si s svojim križem svet odrešil.

To molitev najdemo med Frančiškovimi spisi, v njegovi oporoki, kjer piše: "Gospod mi je dal tako vero v cerkvah, da sem takole preprosto molil in govoril: Molimo te, ...". Frančišek ni pravi avtor te molitve. Našel jo je v preprosti obliki, ki se je glasila: "Molimo te, Kristus, in slavimo, ker si po svojem križu svet odrešil". Ta liturgična oblika molitve je veliko krajša. Frančišek jo je sprejel, predelal in postala je molitev njegovega srca.

Premagovanje ozkosti
Pomemben je Frančiškov dodatek, ki se glasi: "in v vseh tvojih cerkvah, ki so po vsem svetu" in kaže širino njegovega razmišljanja. 
V duhu Frančišek presega meje umbrijske dežele. Svojo molitev razširi na cerkve po vsem svetu. To je izvirno. Zaznamo njegovo vseobsegajoče razmišljanje, širino srca in njegove molitve. "Ko je Frančišek zagledal cerkev ali križ ali ko je vstopil v kakšno cerkev, ga je napolnila tako močna vera, da je mislil na vse cerkve sveta in želel tudi v njih slaviti svojega Gospoda" (L. Lehmann).

Frančišek ni razširil samo besedilo molitve, ampak tudi prostor. Njegovo srce odpotuje iz prostora, v katerem trenutno moli, po vsem svetu. Tomaž Čelanski, Frančiškov življenjepisec, opisuje, kako je vsaka, četudi samo nakazana oblika križa spodbudila k molitvi Frančiška in njegove tovariše: "In kar moramo tudi občudovati - kjerkoli so zagledali križ ali znamenje križa, bodisi na tleh ali na steni, na drevesih ali na ograjah ob poti, so storili enako" (1 Čel 45).
Češčenje se osredotoča na križ oz. Križanega. Naši bratje so imeli evaharističnega Gospoda v tabernakljih svojih cerkva šele pozneje in ta molitev se je nanašala na skrivnost odrešenja na križu in na oltarju.
Kot poroča Tomaž Čelanski, je Frančišek učil svoje brate tudi moliti. Med številnimi molitvami je bila tudi ta, ki je na nek način spadala k "prtljagi" bratov na potovanjih. Molili so jo ob vsakem znamenju križa, čeprav je bilo samo nakazano, ali če so šli mimo kakšne cerkve.

Frančišek kot učitelj te molitve
Zanimivo je, da Frančišek začenja to molitev z "mi", ne pa z "jaz". To ni slučaj. Ne čuti se samega, ampak je del konkretne skupnosti. Zato je svoje spremljevalce naučil to molitev in se prek nje povezal z njimi. Ker pa pri molitvi miselno ne ostaja samo na enem kraju, čuti vesoljno Cerkev. To bi bila lahko spodbuda za osebni premislek - se v molitvi počutim povezan z vsem kristjani sveta? Ali za nas pomeni ta "mi" samo našo družino, ljudi s katerimi trenutno molimo, ali zajema tudi bolne, krajevno Cerkev, redovno skupnost, preganjano Cerkev... 

Molimo te, Gospod Jezus Kristus
Frančišek je negoval češčenje. To je najvišja oblika molitve, ker je možna le v odnosu do Boga. Častiti pomeni priznavati Božjo veličino, slavo in ljubezen ter se na ta način izročiti Bogu z dušo in telesom, z besedo in dejanjem.
To je popolno dejanje, v katerem se človek dopolni kot ustvarjeno bitje in išče način, da sebe ter stvarstvo izroči Bogu. V češčenju priznavamo Boga kot naš začetek in vzpostavimo bratski odnos s celotnim stvarstvom.
Bistvo molitve je v tem, da Božji ljubezni dopustim srečanje z menoj in ji odgovorim z vsem svojim bitjem. V odgovor vključim celoten kozmos. Ta odnos med Bogom in menoj imenujemo češčenje, ki je po svojem bistvu nevezano. To sicer ne odgovarja našim predstavam; kajti mi hočemo rezultate, hrepenimo po ciljih. Češčenje pa je na nek način os, mirujoči del, okoli katerega se vse vrti. Brez tega je naše življenje brez smisla. Na našo molitev lahko gledamo tudi s stališča koristnosti: da je uslišana, da nas pripelje do globljih uvidov, da nam podarja mir, da postane izvir moči ... Toda to ni dokončno in ne pomeni čaščenja. Češčenje je in mora ostati zapravljanje časa, to pomeni, da jaz "svoj" čas vrnem Gospodu, ker sem ga od njega prejel. Češčenje je zgubljanje, zapravljanje in razdajanje časa za Gospoda. Nenazadnje lahko v tem razumemo besede: "Kdor pa svoje življenje izgubi zaradi mene, ga bo našel" (Mt 16,25).

Tukaj in v vseh tvojih cerkvah, ki so po vsem svetu
"Beseda 'mi' Frančiška tako močno spodbudi, da ne more obstati samo v eni cerkvi, ampak se poveže v skupnost z vsemi odrešenimi. Besede 'v vseh' in 'po vsem' kažejo na njegov univerzalizem, s katerim se srečujemo vedno znova. To je odgovor na univerzalnost odrešenja, ki se odraža v dejstvu, da križi in cerkve stojijo vsepovsod po svetu. Ti pričajo, da je svet po odrešenju zopet postal 'Božje bivališče'" (E. Jungclaussen).
Kdor moli s Frančiškom, mora v mislih najprej obiskati cerkve, ki jih pozna: cerkev, v kateri je bil krščen in tako začel svojo pot z Gospodom; cerkev prvega svetega obhajila; župnijsko cerkev, ki jo pozna in jo ima rad. Vstopiti mora v vse cerkve, kjer se podeljujejo zakramenti, v vse cerkve in kapele, kjer se je osebno srečal z Bogom, v vse cerkve mučencev, v cerkve latinske Amerike, v cerkve po Afriki. Iti mora povsod po svetu, kjer je postavljen križ kot znamenje odrešenja.
Smiselno je delati križ na določenih krajih, da jih tako označimo kot kraje odrešenosti.

A. Schlegel moli takole:
"V vseh Cerkvah, ki so po vsem svetu,
s kristjani Evrope,
Azije, Afrike,
Amerike, Avstralije, Oceanije.
S kristjani bušmanske Cerkve
in s kristjani stare Cerkve.
S kristjani preganjane Cerkve
in s svobodnimi kristjani.
Z navdušenimi kristjani, ki pojejo in plešejo
in s kristjani, ki obupani 
ne morejo zmoliti niti očenaša.
Z izkoriščanimi kristjani,
ali tistimi, ki jih mučijo v kaznilnicah raznih diktatorjev.
In s kristjani, ki jih vest žene
v boj za pravičnejšo Cerkev.
V vseh Cerkvah,
veroizpovedih in svobodnih cerkvenih skupnostih;
s strani ljudi vseh veroizpovedi na vseh celinah
naj ti bo hvala in čast."

Hvalimo te
Pri vseh molitvah lahko opazimo, da se Frančišek Bogu več zahvaljuje in ga slavi, kot pa prosi. Frančiškove molitve, ki so se ohranile, so praviloma hvalnice. Ko Frančišek moli, mu ne gre za malenkostne osebne želje, ampak za "pravo vero, trdno upanje in popolno ljubezen, razumnost in spoznanje". Latinski izraz za slavljenje Boga je: "benedicere", dobro govoriti. Dobro govoriti o Bogu, oznanjati njegova dela, kot to zasledimo v psalmih. Pri tem se navadno zahvaljujemo zaradi stvarjenja, ki je nastalo iz ljubezni do nas, ljudi, za odrešenjska Božja dela.
Frančišek je prodrl do zgodovinske točke, kjer se zgodba greha pretvori v točko odrešenja.

Ker si s svojim križem svet odrešil
Beseda "ker" razodeva razlog za slavljenje Boga na vseh krajih in po vseh ljudeh. Bog je po Jezusu Kristusu odrešil ves svet. Frančiškov pogled se še enkrat usmeri po vsem svetu. Bog je dal ljudem v križu znamenje odrešenja, ki prodre v vse kraje in v vsa področja življenja.
Cerkev, v kateri je Frančišek, je kraj križa, hkrati pa se ta širi po vsem svetu: v vseh cerkvah.

A. Schlegel v molitvi sprašuje: 
"Na kaj se naj zanesemo, če ne na to, da si nas odrešil?
V kaj naj verujemo, če ne na to, da si nas osvobodil?
Na osvoboditev s pomočjo ideologije ali tehnike, ne verujemo.
Na osvoboditev s pomočjo kapitalizma ali komunizma, ne verujemo.
Verujemo v odrešenje po Jezusu Kristusu,
ki nas je osvobodil greha in krivde.
Verujemo v odrešenje po križu,
ki nas je spravil z Bogom življenja.
Verujemo v odrešenje Vstalega od mrtvih,
ki nas opogumlja za boj proti krivici in smrti."

Za nas je čudovito, da lahko križ uporabljamo kot znamenje rešitve in odrešenosti. Znamenje križa lahko postavimo v naše lastne sence, na vsa področja življenja, kjer še nismo odrešeni. Postavimo ga lahko na vse neodrešene kraje naše okolice.