Frančišek je napisal vrsto pisem, ki imajo podlago v njegovi kontemplaciji. Običajno jih je začenjal s križem oz. v imenu troedinega Boga, zaključil pa prav tako s križem ali z molitvijo. Sama pisma vsebujejo hvalnice, hvalne vzklike in molitve. Zlasti Pismo celotnemu redu, ki je nastalo v letih 1220 do 1225, je močno prežeto z molitveno vsebino. 
Za razliko od mnogih drugih del sv. Frančiška zveni to pismo zelo slovesno. Začne se z besedami: "V imenu najvišje trojice in svete Edinosti, Očeta in Sina in Svetega Duha. Amen."
Sredi pisma Frančišek izbruhne v hvaljenje zakramenta sv. Evharistije. To je neke vrste hvalnica: "O čudovita visokost in pretresljiva ljubeznivost! O vzvišena ponižnost! O ponižna vzvišenost, da se Gospod vesoljstva, Bog in Božji Sin tako poniža, da se zaradi našega zveličanja skrije pod neznatnim koščkom kruha."
Tu najdemo tudi Frančiškovo osebno priznanje krivde, podobno kot v liturgičnem Confiteor. Odpre se Gospodu Bogu Očetu in Sinu in Svetemu Duhu, blaženi Mariji, vedno devici in vsem svetnikom v nebesih in na zemlji, bratu generalnemu ministru našega reda kot svojemu častitljivemu gospodu, vsem duhovnikom našega reda in vsem drugim svojim blagoslovljenim bratom.
Glavni del pisma zaključi z obljubo blagoslova za tiste, ki bodo izpolnjevali njegova naročila: "Gospod naj blagoslavlja vas, ki boste to izpolnjevali, naj bo vedno z vami Gospod. Amen." Toda to ni pravi zaključek pisma. Sledi namreč kompaktna in lepo oblikovana klasična molitev, ki ni samo lepotni privesek, ampak vsakega bralca napoti k skupnemu izvoru in cilju, ki je Bog.

Vsemogočni, večni, pravični in usmiljeni Bog, 
daj nam ubogim, da bomo zaradi tebe delali,
kar vemo, da hočeš,
in vedno hoteli, kar je tebi všeč;
da bomo notranje očiščeni, notranje razsvetljeni
in vžgani z ognjem Svetega Duha,
mogli hoditi po stopinjah tvojega ljubljenega Sina,
našega Gospoda Jezusa Kristusa
in le po tvoji milosti priti k tebi, Najvišji;
ti, ki v popolni Trojici nedeljivo Eden
živiš in kraljuješ v slavi, vsemogočni Bog,
na vse veke vekov. Amen.

L. Hardick in E. Grau sta v uvodu v Frančiškove spise zapisala: "Zaključna molitev pisma je pravi biser Frančiškovih molitev. Po pravici jo lahko imenujemo prava molitev manjšega brata. Zaradi njene preprostosti jo je skoraj nemogoče prevesti tako, da bi ohranila svojo religiozno polnost." Posebnost je že v tem, da je celotna molitev sestavljena iz enega samega stavka.
Na začetku molitve Frančišek svojo pozornost obrne k Bogu in zapiše: "Vsemogočni, večni, pravični in usmiljeni Bog." Na prvem mestu stoji Božja vsemogočnost. To lastnost omenja tudi v Sončni pesmi, Hvalnici za vse ure, nepotrjenem Vodilu, v pismih kustosom in voditeljem ljudstva ter še na mnogih drugih mestih. Frančišku je Bog bližnji, tisti, ki se je učlovečil, toda kljub temu ostaja nedosegljiv. "Nobeno napenjanje moči ne more premostiti razlike, ki je med stvarstvom in Stvarnikom ... Bog je najvišji, vsemogočni kralj, Gospod nebes in zemlje, nad vse povzdignjen, brez začetka in konca, nespremenljiv, nezmotljiv, neizrekljiv, nedoumljiv in neizsleden."
Druga Frančiškova izjava je, da je Bog večen. Frančišek je globoko prizadet ob dejstvu, da se je Bog sklonil k človeku. Prepričan je, da je preko Jezusa v Nazaretu obrnil svoj obraz k nam, ljudem. Kljub temu ostane Bog "brez začetka in konca, nespremenljiv, neviden, neopisljiv, neizrekljiv, nedoumljiv, neizsleden ..."
Tretja lastnost, ki jo Frančišek opazuje pri Bogu, je pravičnost. O pravičnem Bogu govori v nepotrjenem Vodilu, zlasti v 23. poglavju. V Hvalnicah Bogu najvišjemu pa pravi: "Ti si pravičnost." Pogled na Božjo pravičnost ga vedno znova vodi k Božji sodbi, kateri nobeden ne ubeži. Nanjo se moramo pripravljati tu na zemlji. Če bi Frančišek na tem mestu obstal, bi se moral molivec ob Božji pravičnosti zgroziti, kajti nihče ne more obstati pred Božjo sodbo. 
Božja pravičnost je združena z usmiljenjem - to pa je četrta Frančiškova izjava o Bogu. Pravičnost in usmiljenje sovpadata, kar lahko beremo v psalmu 85,11: "Dobrota in zvestoba se bosta srečali, pravičnost in mir se bosta poljubila." Ljudje smo v nenehni nevarnosti, da Boga pojmujemo samo enostransko. Ali je strog policist, ki ljudi kaznuje, ali pa samo dobrohotni Bog, ki vsega ne jemlje tako tragično in pusti ljudi peti: "Vsi bomo prišli v nebesa". Frančišek je Božje usmiljenje izkusil v kraju Poggio Bustone. Tomaž iz Čelana poroča: "Bil je čisto spremenjen; čustveni vihar se je polegel, tema, ki se je spustila nad njegovo dušo zaradi pekoče vesti, ker je grešil, je izginila, kajti podeljeno mu je bilo spoznanje, da so mu vsi grehi odpuščeni in je zopet našel milost." Frančiška se je dotaknil evangeljski stavek: "Ali nisi bil tudi ti dolžan usmiliti se svojega soslužabnika, kakor sem se jaz usmilil tebe?" (Mt 18,33). Vsi smo deležni Božjega usmiljenja in zato moramo biti usmiljeni med seboj.

Po teh izjavah o Bogu, sledi prošnja: "/.../ daj nam ubogim, da bomo zaradi tebe delali, kar vemo, da hočeš, in vedno hoteli, kar je tebi všeč." Že med spreobrnjenjem je Frančišek molil pred Križanim pri sv. Damijanu: "Daj mi ... da se bom držal tvojih zapovedi." Tudi tu gre za spoznanje in izpolnjevanje Božje volje. Frančišek si je postavil visok cilj - hoteti tisto, kar je Bogu všeč. Pri tem lastna volja ni izključena; biti mora v sozvočju z Božjo. To prizadevanje pa ni koristoljubno, saj Frančišek moli: "zaradi tebe ..." Kako si to predstavlja in kako naj bo vsa človeška volja podrejena temu cilju, pokaže v razlagi Očenaša: "Zgodi se tvoja volja - kakor v nebesih tako na zemlji: da bi te ljubili z vsem srcem, tako da bi vedno mislili nate; z vso dušo, tako da bi vedno hrepeneli po tebi; z vsem mišljenjem, tako da bi svoje namene naravnali na tebe in v vsem iskali tvojo čast; z vsemi svojimi močmi, tako da bi vse dušne in telesne moči in čute do kraja porabili v služenju ljubezni do tebe in v ničemer drugem." O sebi in o molivcih pravi: "Mi ubogi". Zanj je dober samo Bog, človek pa je odtrgan od Boga, zato pa je reven in grešen. Toda dobri Bog se grešnika usmili.
Naslednji del molitve kaže na tri stopnje duhovne poti: "/.../ da bomo notranje očiščeni, notranje razsvetljeni in vžgani z ognjem Svetega Duha, mogli hoditi po stopinjah tvojega ljubljenega Sina, našega Gospoda Jezusa Kristusa." Frančišek je prepričan, da je Božja volja zbrana v hoji za njegovim sinom Jezusom Kristusom. Jezus sam je o sebi rekel: "Moja hrana je, da uresničim voljo tistega, ki me je poslal ..." Kristjanom se Božja volja konkretizira v hoji za Kristusom. V Pismu vsem kristjanom Frančišek nakaže, da nam je Jezusova vdanost zgled, ki ga moramo posnemati.
Frančišek ima pred očmi Jezusa, ki pušča za seboj sledi, po katerih lahko stopamo. Hoja za Kristusom se odvija v treh stopnjah: pot poboljšanja, pot razsvetljenja in pot v Božjem Duhu (zedinjenje). Frančišek uporabi klasične poti. Gre za patristično-liturgično pobožnost. Prvi korak je notranje očiščenje, ki pomeni služenje Bogu z nedeljenim srcem. On je pot preprostosti in spreobrnjenja. Naslednji korak je razsvetljenje. Če je človek prazen in pripravljen sprejemati, ga Bog lahko doseže s svojimi žarki in preobrazi. Za to luč je Frančišek molil že pri sv. Damijanu: "Razsvetli temine mojega srca". Bog je luč; ljudje pa ji lahko pri sebi pripravimo pot.
Tretja stopnja je pot zedinjenja v Svetem Duhu. Po svoji izkušnji pri sv. Damijanu se je Frančišek pod vodstvom Svetega Duha spremenil. Stigme, ki jih je prejel na La Verni, so delo Svetega Duha. Ta stopnja poenotenja z Bogom se večini ljudi uresniči šele v večnosti, ko pogledamo Boga iz oči v oči. To je Božji dar. Stopnji očiščevanja in razsvetljenja, pa sta za nas vadbeno polje.

Pot očiščevanja
H. Spaemann navaja sedem smernic, ki nam pomagajo na poti očiščevanja. Tako se izognemo napačnemu obnašanju, ki bi povzročilo veliko škode:

1. Pomembnih stvari nikoli ne postavljajte na drugo mesto. Najpomembnejši je Bog, zato ničesar ne postavljajte pred služenje Bogu. Dan naj bo od jutra do večera prežet z molitvijo, z njo ga začnite in končajte.
2. Ne pozabite na ljubezen do Boga in do bližnjega. To pomeni, da vsakodnevne drobnarije ne smejo prevladati. Izbirajte! Samo ljudje, ki nimajo preveč prtljage, samo otroci in ubogi bodo prišli skozi ozka vrata.
3. Ne zapadajte v nepotrebno kritiziranje, ki je brez ljubezni. Božji Duh gleda samo na tisto kar je dobro. Slabe stvari je z Jezusovo smrtjo izbrisal in jih briše vedno znova.
4. Ne poskušajte ugajati ljudem. Ne iščite pomembnih vlog. Kar izvira iz samovoljnega iskanja ciljev bo zgorelo na dan, ko pride Kristus, zgorelo bo v luči resnice.
5. Ne bojte se, ne iščite človeške gotovosti. Obstajajo tri znamenja ponižnosti v Svetem Duhu: takoj, veselo, popolnoma.
6. Ne zapravljajte časa.
7. Zavedajte se, da je križ vaša največja obveza. K temu spada: ne jezite se in ne razburjajte, če vas včasih spregledajo ali vam ne dajo priznanja, ki vam gre.

Pot razsvetljenja

1. Začenjajte vedno znova. Varujte se pred malodušjem. Pomembno je, da se nikoli ne poskušamo izogniti poti, na kateri nas spremlja Bog, ampak jo vedno znova začnemo v veseli svobodi.
2. Iščite tišino, ljubite in uresničujte jo ter jo omogočajte tudi drugim.
3. Skrbite za mirno vest. Vest je seizmograf, ki bedi nad našim izpolnjevanjem ljubezni. Če je ne upoštevate in poskušate nemir prikriti pred drugimi in seboj, bo vest postala groba.
4. Ogledujte se v ogledalu, ki vam ga drži Sveto pismo. Ogledalo resnice so za nas evangeliji ter bratje in sestre v Kristusu. "Kristus, ki je v srcu sobrata, vidi več, kot Kristus, ki je navzoč v mojem srcu" (Bonhoeffer).
5. Vaše življenje naj bo duhovno poglobljeno.
6. Vaša ljubezen naj bo iznajdljiva. Vera je odprtost Svetemu Duhu. Bodite odprti za ljubezenske domislice, ki jih navdihuje Bog.
7. Ljubite in gradite skupnost.

Vse te stopnje nam pomagajo, da dosežemo "Najvišjega". Srečati se morata človeško prizadevanje in Božja milost. Frančišek poudarja: "Samo po tvoji milosti", toda jasno mu je, da ne gre brez človekovega prizadevanja. Zato moramo hoteti delati tisto, kar je Bogu všeč. Bog je tisti, ki nas rešuje, brez njega ne moremo ničesar.
L. Lehmann pravi: "Frančišek v svoji molitvi opisuje krog. Najprej z besedami hvale priznava, da Bog presega naše predstave o prostoru in času. Potem se obrne k nam, ubogim, in pokaže pot, po kateri lahko dosežemo Boga - stopinje učlovečenega Božjega sina; misli, ki morajo biti nenehno usmerjene k Bogu; goreče hrepenenje po luči, ki ga napolnjuje in navdihuje Sveti Duh. Bog stoji na začetku in na koncu, Kristus pa je pot."